盗版困扰行业发展。软件业的盗版主要体现为以下四种情况：一是复制发行软件。即未经软件著作权人许可直接复制、发行著作权人的软件。二是抄袭仿制软件。即以著作权人的软件为基础，进行少量修改后作为自己开发的软件予以发行。三是捆绑嵌入软件。即未经许可将自己的软件和著作权人的软件捆绑在一起一并发行，且自己软件的正常运行必须以著作权人的软件为基础。四是最终用户商业性地使用软件。即软件最终用户未经著作权人许可，擅自安装著作权人的软件，用于经营活动。
商业秘密流失。软件业的商业秘密流失主要体现在三个方面：一是因技术人员或管理人员的流动而造成相关商业秘密的流失，频繁的跳槽对企业稳定快速的发展制约明显，离职人员往往带着技术秘密、经营策略、管理诀窍、货源情报、客户名单等企业命脉，行业发展环境被恶化。二是在订立软件开发合同等技术合同的过程中，合同一方主体往往需要向另一方提供涉及技术秘密或经营秘密的资料数据或信息，在合同履行过程中或终止后，一方主体未履行保密义务而将其掌握的商业秘密予以披露、使用。三是企业的商业秘密被他人以盗窃、利诱、胁迫等不正当手段获得。其中第一种情况即因人才流动而导致的知识产权流失现象在软件业的发展中特别普遍且相当严重。
合同存在漏洞。完备的合同条款是审查合同当事人是否违约以及承担何种法律责任的依据。近年来，企业已经越来越重视知识产权问题，但由于企业自身的局限性，大多数企业在知识产权合同制定和管理方面依然存在很多漏洞和不足，在司法实践中，各种新型、复杂、疑难的知识产权合同纠纷也层出不穷。软件业的企业在合同签订时的风险防范能力还有待提高。在审判实践中发现，部分当事人订立的合同不规范，诸如技术保密内容、验收方法和验收标准、风险责任承担、技术成果和后续改进成果的权利归属及使用、收益的分配等条款往往没有进行约定，或约定模糊，不具有可执行性，以致在合同的履行过程中发生纠纷，无法把握履行合同过程中出现的瑕疵与全面履行合同义务之间的关系。
解决纠纷难。软件业的纠纷一般专业性较强，大部分软件侵权案件都会涉及鉴定，审理周期相对较长，且软件著作权侵权行为具有取证难度大、隐蔽性较强等特点。例如，在实践中要求原告提供被控侵权软件的源程序几乎是不可能的，即使原告申请保全被告软件的源程序，出于计算机软件容易被复制、删除、修改，保全目的也不一定能够实现。因此，通过诉讼解决软件企业之间的纠纷，客观上可能存在权利不能得到及时保护的情况。但由于行政机关和各类行业组织化解纠纷的机制尚欠完备，软件企业选择纠纷解决的途径较为有限。
新技术引发新问题。伴随着软件业和网络的联系日益紧密，行业安全面临挑战，新技术带来新的法律问题。通过病毒或木马等恶意程序，盗窃用户信息、软件服务使用账号、网络游戏账号、网络教育账户等行为时有发生，网络安全很可能成为软件和互联网产业发展的制约因素。与此同时，软件业高速发展形成了资源的相对集中，涉及软件业的反垄断案件及其他不正当竞争行为的案件有所增长。具体体现为某个企业的市场行为或企业间的合并行为对市场的有效竞争造成损害、产生不良的市场效果，或某个企业对其他企业进入相关产品市场构成障碍等等。
本次调研指出，作为知识产权，非排他性是其不同于有形物的一个重要区别，它可以同时被多人占有和使用，而不影响性能。研发一个计算机软件需要投入大量的人力、时间和资金，而复制一个软件只需要简单的设备在较短的时间就能完成，且复制件和原件并不会有实质性的差别。软件的经济生命周期越来越短，权利人要在有限的经济生命周期中获得预期的利益，承担的风险较大。而盗版者的成本微乎其微，却可以大大挤占权利人的市场，使权利人的投资在一定程度上难以回报。盗版者和权利人所付出的成本及承担的风险存在严重的不对称，盗版现象屡禁不止。此外，软件开发对人有着较大依赖性，出于利益的驱使，再加之企业内部知识产权管理制度的匮乏，很可能出现员工凭借其已经掌握的核心技术或经营秘密另寻东家，或自立门户。
海淀法院认为，突破软件行业知识产权问题的瓶颈，对企业而言，需要从创造、管理与保护等层面对知识产权进行运营；对社会管理层面而言，需要在宏观上对软件企业知识产权的管理和保护进行引导与协调；对司法机关而言，则需设立专门的审判小组，培养专家型法官，集中力量更好地解决案件的专业性问题，公正高效地审结各类知识产权案件，让权利人的利益得到及时有效的保护。
